岩土重点实验室、工程安全与病害防治所、水资源综合利用研究所、河流研究所、水力学研究所、材料与结构研究所、水土保持研究所、空间信息技术应用研究所、水环境研究所、农业水利研究所、重庆分院。

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水利部岩土力学与工程重点实验室

水利部江湖治理与防洪重点实验室

水利部水工程安全与病害防治工程技术研究中心

国家大坝安全工程技术研究中心

水利工程（0815）、土木工程（0814）硕士学位授权一级学科、土木水利（0859）专业学位授权点

    目前在院研究生数176人。